Sebagai bentuk menjalankan amanat Undang undang No.21 Tahun 2019 tentang Karantina Hewan, Ikan dan Tumbuhan Pasal 8 ayat 1 dan dilanjutkan dengan terbitnya Perpres No.45 Tahun 2023, maka terbentuklah suatu Lembaga Pemerintah baru dibawah presiden dengan nama

BADAN KARANTINA INDONESIA 

Lembaga baru ini meleburkan instansi yang menjalankan fungsi kekarantinaan dan perlindungan sumber daya alam yang sebelumnya berada di tiga kementerian yaitu Badan Karantina Pertanian dan Badan Karantina Ikan, Pengendalian Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan serta Kementerian Lingkungan Hidup dan Kehutanan